Специфічних методів лікування цієї хвороби ще не розроблена. Ефективних методів впливу на аутоімунний процес, які зупинили б розвиток з аутоімунного тиреоїдиту гіпотиреозу, на жаль немає. Та ще таких, щоб не залишали негативних наслідків для організму. Проте з метою лікування застосовують замісну гормональну терапію. Використовують L-Тироксин, який є гормоном щитовидної залози. Причому призначають його навіть у тих ситуаціях, якщо щитовидна залоза функціонує ще без видимих ​​змін. Роблять це з кількох причин.

Гіпертрофічна форма аутоімунного тиреоїдиту супроводжується збільшенням розмірів щитовидної залози, що викликає у хворого відчуття здавлення в області шиї і труднощі при ковтанні. Шия, в нижній своїй частині, стає більш об'ємною, а при промацування її в цій області, легко виявляється збільшена, плотноеластіческойконсистенції, рухлива ендокринна залоза. На початку процесу збільшення її рівномірний, пізніше можуть утворюватися окремі вузли, що додають поверхні щитовидної залози характерну горбистість.